相对于2014版指南，《船舶有害物质清单编制及检验指南》（2016）主要修订内容为：
1) 新增“免除”、“固定的”和“松散安装的设备”定义；
2) 新增松散安装的设备、含铅酸或其它有害物质的固定安装电池、含潜在超阈值的有害物质的类似材料或项目如何在有害物质清单列出的说明；
3) 进一步细化和明确在有害物质清单中免除列出的有害物质范围；
4) 新增了石棉、多氯联苯和多氯化联萘的阈值，修订了多溴化联（二）苯的阈值；
5) 更新了潜在含有害物质的常规消耗品表，进一步细化分类和增加实例；
6) 新增附件13“放射源实例”；
7) 删除了附件9中有害物质外观/取样检查专业机构认可申请书格式（采用通用认可格式申请即可）；
8) 根据欧盟(EU) No 757/2010法规、（EU）2016/293法规修订的（EC）850/2004法规，新增全氟辛烷磺酸（PFOS）及其衍生物、溴化阻燃剂（HBCDD）的阈值。
《船舶有害物质清单编制及检验指南》（2016）生效日期为2016年11月1日。
