为了控制海洋有机物、沉积物、淤泥，最现实可行的方法，就是在深海或者公海水域进行压载水的更换。更换压载水最好在水深超过2000 m的水域进行。达到下列情况可被允许:置换地点至少离最近的陆地200 n mile以外，水深至少在200 m，并且很少受沿岸和河口影响。必要时通过代理向港口当局了解下一港口的特殊要求和规定，并采取特殊的控制措施，满足港口要求。当船在港内或在大陆架水域时，要注意清除的沉积物，不能排放到这些水域里。沉积物必须根据当地港口的规定要求向岸上处置。同时记载入航海日志，并保留收据。
专用压载舱压载水的管理
船舶在海上航行期间更换压载水时，要充分考虑船舶的各种因素、天气、海况、船舶离最近陆地距离等，是否收到当地主管机关关于压载水域(或码头)加装压载水的预警报告，以确保所压压载水的水质。
至少每周两次对压载舱进行可燃气体探测并保持相应的记录。
定期对各压载舱进行仔细检查，以确保舱内构件和焊缝良好，无污染物存在。各压载舱透气帽、测量孔均应处于正常的工作状态，以确保各压载舱满足基本的压载条件。
在非预警区域拟压水时，应对拟压区域的水质(泥沙含量、浮游生物含量)状况进行直观判断，以保证压载水的水质。若拟压区域水质较差，可在满足船舶吃水、稳性、强度、安全等前提条件下，合理选用高低位通海阀，并尽可能少压入压载水，且压水后应在合适水域尽快置换清洁压载水。
大副必须首先做好计划，经船长审批同意后，安排好航行和排水的值班，压载水置换期间要特别注意船舶的强度，保证剪力和弯矩在安全合理的范围内，绝对不能超出设计极限值
置换方法有三种：溢流法、排空压入法和混合方法。
1. 采用溢流法
要求压入的水量是舱容的3倍，耗费时间长，消耗燃油多。一般不推荐完全采用该方法。但在恶劣天气情况下又必须置换压载水时，这种方法是最安全的。
2. 排空压入法
是最直接、最快捷的方法。但由于船舶结构强度的限制，很多船船中处的弯矩、剪力不能满足要求，因此不能完全适用该法。有的船(例如7.2万吨油船)，因为在船中部位设有深压载舱，可以这样做，若天气允许，这种方法最适用。
3. 混合方法
将溢流法和排空压入法融合起来，扬长避短。艏艉舱用对称的排空压入法，船中部则采用溢流法。该法普遍适用。
